Спустя четверть века упорного труда коллектива институт вырос в современный учебно-научно-образовательный комплекс с социально-производственной инфраструктурой. К этому времени ИрИИТ получил общежитие улучшенной планировки, современные учебные корпуса, достойно украшающие архитектурный облик Иркутска. Созданы новые специализированные лаборатории, библиотека с несколькими читальными залами, конференц-зал, открылись аспирантура и докторантура, начали работу Советы по защите кандидатских диссертаций, приступил к работе учебно-производственный центр «Академическая».
На базе ИрИИТа начинает действовать Восточно-Сибирский филиал Сибирского научного центра Академии транспорта РФ, в семи секциях которого работают более 40 ученых института и Восточно-Сибирского региона.
В 2002 году ректором ИрГУПС стал доктор технических наук, профессор Андрей Павлович Хоменко.
В апреле 2002 года указом МПС России Иркутский институт инженеров железнодорожного транспорта переименован в ведение ИрГУПС передали Красноярский филиал и Забайкальский институт железнодорожного транспорта.
В 2005 году по решению Правительства Российской Федерации ИрГУПС преобразован в отраслевой университетский образовательный комплекс, в который к уже имеющимся УКП в городе Улан-Батор, Красноярскому и Забайкальскому институтам, Северобайкальскому, Братскому, Абаканскому филиалам входят Улан-Удэнский колледж железнодорожного транспорта, а также Читинский и Красноярский техникумы железнодорожного транспорта.
Это правительственное решение создало условия и возможности для реализации крупных образовательных программ и проектов разных уровней, позволило повысить эффективность использования интеллектуальных, материальных, финансовых, информационных и других ресурсов. Оно позволило не только успешно выполнять кадровые обязательства перед отраслью, но и сделало Университет опорным вузом, способным реализовать многие аспекты стратегии Министерства транспорта по транспортному развитию Востока России.
Следующие 16 лет вуз уже наращивает внутренние резервы, за это время сформировалась единая система подготовки в рамках двух уровней образования — среднее профессиональное и высшее. Качество подготовки специалистов в иркутском вузе подтверждается впервые опубликованными в 2015 году данными Минобрнауки РФ о трудоустройстве выпускников вузов РФ. Иркутский государственный университет путей сообщения вошел в десятку вузов Сибирского федерального округа, чьи выпускники наиболее востребованы на рынке труда.
20 сентября 2022 года на должность ректора Иркутского государственного университета путей сообщения был назначен Юрий Трофимов. С апреля 2021 по июнь 2022 года Юрий Анатольевич работал в должности первого проректора ИрГУПС.
31 января 2023 года Андрей Павлович Хоменко назначен на должность научного руководителя ФГБОУ ВО «Иркутский государственный университет путей сообщения».
Текст подготовлен с использование материалов, предоставленных В.В. Гасельником для книги «210 лет транспортному образованию».