В 2002 году институт перешел в ведение Иркутского государственного университета путей сообщения.
В октябре 2016 года Забайкальский институт железнодорожного транспорта отметил свое 60-летие. Сегодня в нем реализуются несколько уровней образования: основная образовательная программа среднего общего образования (Лицей ЗабИЖТ), средне-специальное (Читинский техникум железнодорожного транспорта) и высшее образование (ЗабИЖТ). Обучение ведут на базе 4 факультетов и 8 кафедр. Институт располагает более чем 70 лабораторными комплексами. Здесь обучается несколько тысяч человек.
Ключевой партнёр учебного заведения — Забайкальская железная дорога, куда после приходят работать большинство выпускников института. Востребованы профильные специальности: «Организация перевозок и управление на транспорте», «Строительство железных дорог, путь и путевое хозяйство», «Подвижной состав железных дорог (вагоны, грузовые вагоны, электрический транспорт ж/д)», «Автоматика и телемеханика на ж/д транспорте».
